レイアウトがおかしくなった・・・で書いたように、MT4.1にしたらレイアウトが崩れたわけですが、小粋空間さんで対策方法が公開されていました。
で、確かにこの対策を行うと、MT4.1のpage_layoutデフォルト値である<body class="layout-wtt">が無視されて<body class="layout-three-column">が有効になりました。
要するにこの対策では、システムテンプレートではない場合のページレイアウトをlayout-three-columnに変更する、というものです。
私のblogではスタイルシートに<body class="layout-wtt">を追加して誤魔化していたので問題は大きく無かったのですが、ちょっと気持ち悪かったのですっきりしました（笑
いつもありがとうございます＞小粋空間さん
１．原因
Movable Type 4.1 からカラムレイアウトを決定するための変数 page_layout のデフォルト値が内部で事前に設定されるようになったため、body 要素で設定している、default モディファイアの「layout-three-column」が利かなくなってしまったためです。
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